Pour les éleveurs, quels apports de la génomique ?

Depuis 2009 et le premier séquençage complet d’un génome de bovin, la génomique, qui permet d’évaluer le potentiel génétique d’un animal grâce aux informations contenues dans le génome, bouleverse désormais la sélection en élevage. Les sélectionneurs ont dorénavant accès à un nouvel outil, les puces à ADN, qui permettent de typer des animaux pour des dizaines de milliers de marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) à la fois. Avec les informations génomiques obtenues, il est possible ensuite de prédire la valeur génétique des reproducteurs.  

« Avant, on était sur descendance, on attendait que les taureaux aient des filles, et il fallait entre trois et cinq ans pour avoir des phénotypes. À l’heure actuelle, dès la naissance voire avant, on est capable d’en prédire la valeur, qui sera affinée en fonction des nouveaux phénotypes, quand il y aura des descendances en production », explique Christophe Audebert, du groupe coopératif d'insémination Gènes Diffusion, qui intervenait lors d’une table-ronde organisée le 18 novembre par l’Association française des journalistes agricoles (Afja). Ce gain est moins significatif en production végétale, témoigne de son côté Bruno Desprez, de Florimond Desprez : « On avait déjà fait de gros progrès avec l’arrivée des led, des chambres chaudes et froides, on arrive à faire jusqu’à sept générations de pois par an ».

Concrètement, pour la sélection génomique, le changement est visible dans les catalogues, avec « un grand turn-over d’année en année », souligne Christophe Audebert, qui s'interroge cependant quant à la possibilité d'une « fin du star-system et du taureau de compétition ». Il restera toujours des passionnés de concours, ajoute-t-il. 

Etudier le microbiote transmissible pour améliorer la production laitière

Pour affiner encore davantage les prédictions quant à leur productivité, avec les progrès de la recherche, « on envisage désormais les vaches comme une somme d’éco-systèmes », explique Christophe Audebert. Certaines classes de micro-organismes hébergés par le ruminant sont héritables, de l’ordre de 0,3 (ce qui signifie que 30 % de leur poids au sein d’un écosystème est issu du fonds génétique du bovin). Or ce microbiote joue un rôle dans la capacité d’absorption des nutriments et donc dans la productivité finale de l'animal. Ces informations, couplées à celles du génome, constituent ainsi un nouveau levier d’amélioration de la production laitière.

Vers une réduction des coûts ?

Ces progrès techniques dans la sélection permettent-ils de baisser le prix des paillettes ? Pour le moment, non, avoue Christophe Audebert. « On n’a pas pu constater de baisse de coût significative. Cette promesse qui était sur le papier à la base ne s’est pas matérialisée, puisqu’on a assisté à une course à l’échalote de maximisation du progrès génétique ». Plus simplement, la pression de sélection des candidats potentiels a été intensifiée, ce qui ne réduit pas les coûts, mais donne de meilleurs résultats.

La problématique est d’ailleurs identique dans le secteur végétal. « C’est l’évaluation qui coûte le plus cher, pas la génétique. Donc on va prendre des populations plus grandes, et mettre autant de choses dans l’évaluation, mais des choses plus efficaces », ajoute Bruno Desprez. « Les budgets restent les mêmes, mais on a une meilleure efficacité et une meilleure compétitivité à budget constant, et c’est ça que les gens recherchent », ajoute-t-il.