UNE NOUVELLE MÉTHODE D'INDEXATION POUR PLUS DE FIABILITÉ

QUE DE CHEMIN PARCOURU DEPUIS LES BALBUTIEMENTS DE LA SAM (sélection assistée par marqueurs) il y a plus de dix ans. La recherche avance en permanence et permet de faire évoluer les méthodes de calcul des index. L'objectif est double : améliorer sans cesse la fiabilité des évaluations d'une part, et élargir la gamme des caractères indexés d'autre part.

La dernière évolution concerne les index publiés en avril et vise d'abord à gagner en fiabilité (voir tableau ci-dessous). La méthode d'indexation a été affinée et combine désormais les spécificités françaises et des pratiques adoptées ailleurs. Car chaque pays a mis au point sa propre méthodologie. Les scientifiques français travaillent sur l'exploitation des QTL (quantitative trait locus : région du génome ayant un effet sur un caractère). En clair, ils repèrent des marqueurs dans les régions intéressantes du génome. Ces marqueurs sont connus pour déterminer la transmission d'un caractère.

Cette méthode a fait ses preuves, mais elle ne suffit pas pour tout expliquer. D'autres pays utilisent les marqueurs en aveugle, c'est-à-dire qu'ils balayent l'ensemble du génome. « En combinant ces deux méthodes, nous pouvons collecter davantage d'informations avec une précision accrue », explique Sébastien Fritz, ingénieur en génomique chez Allice (ex-Unceia).

Par ailleurs, les populations de référence ont été agrandies. Il s'agit des animaux pour lesquels on connaît à la fois le génotype et les performances. C'est grâce à cette double information que sont calculées les équations génomiques qui servent à établir la correspondance entre le génotype et

les performances

PRISE EN COMPTE DES PERFORMANCES INDIVIDUELLES DES VACHES

Désormais, en races montbéliarde et normande, toutes les femelles génotypées entrent dans la population de référence. Pour la holstein et la brune, c'est l'entrée massive de taureaux étrangers, essentiellement européens, qui permet une augmentation significative de la taille de la population de référence.

De ce fait, le nombre de QTL détectés augmente de manière considérable. Il passe de 500 à plus de 3 000. La masse des informations disponibles s'accroît donc fortement.

Autre évolution majeure, les performances des vaches (lactations, pointages) seront désormais utilisées dans le calcul de leurs propres index qui évolueront donc au gré de l'apport d'informations nouvelles. Auparavant, ces données étaient intégrées de manière indirecte. Elles entraient dans le calcul d'index du père de ces vaches qui était lui-même pris en compte dans celui des filles. En valorisant directement les informations dans l'indexation des vaches, on aboutit à des index plus précis, mais aussi plus cohérents. Les CD des femelles pourront augmenter de manière significative avec leur âge.

Tous ces changements permettent d'améliorer nettement la fiabilité des index. Mais ils entraînent aussi un bouleversement du classement. Les fortes variations ne concernent pas tous les taureaux. En race holstein, les Français sont plutôt pénalisés alors que les pedigrees étrangers ou peu connus évoluent souvent favorablement. « Nous sommes passés d'un calcul incluant l'ascendance à une méthode 100 % génomique. Cette ascendance était bien connue pour les taureaux français, beaucoup moins pour certains étrangers », remarque Sébastien Fritz.

Il n'empêche qu'en moyenne, les taureaux qui étaient bons restent bien classés. Et une majorité d'entre eux n'évolue que faiblement. Dès les prochaines sorties, les mouvements devraient être moins marqués puisque les index sont désormais plus fiables. Cependant, les jeunes taureaux notamment resteront exposés à des variations, même si leur ampleur est appelée à diminuer.

LA PROCHAINE ÉTAPE VISE À UTILISER DIRECTEMENT LES GÈNES

Toutes ces évolutions méthodologiques étaient dans les tuyaux depuis 2013. Les scientifiques ont décidé de les mettre en oeuvre parce qu'ils ont jugé que malgré les bouleversements ponctuels, elles étaient bénéfiques pour les éleveurs comme pour les entreprises.

Le travail se poursuit et d'autres évolutions sont attendues vers 2018. « Nous continuons à affiner la lecture du génome, explique Sébastien Fritz. La prochaine étape vise à utiliser directement les gènes impliqués dans l'expression de tel ou tel caractère. » Ceci permettra de gagner considérablement en précision, mais ouvrira sans doute la voie à l'indexation de nouveaux caractères.