ÉVALUATION GÉNOMIQUE, LA MÉTHODE SE PRÉCISE

L'indexation du 25 juin dernier est une étape majeure dans l'évaluation génomique en prenant en compte l'intégralité du génome pour chaque caractère. La taille de la population de référence (composé des taureaux testés sur descendance et génotypés) a augmenté en montbéliard, normand et surtout en holstein. Le projet Eurogénomics, mené conjointement par la France, l'Allemagne, les Pays-Bas et les pays nordiques, a permis d'augmenter la population de référence holstein à 16 000 taureaux disposant de 19,4 millions de filles vêlées. De plus, le développement de nouveaux outils dans le cadre du projet Amasgen a permis de repérer et d'intégrer plusieurs centaines de QTL par caractère au lieu d'une trentaine précédemment. De nouveaux caractères sont également apparus, en particulier la longévité qui impacte directement l'Isu.

« Tous ces changements dans la méthodologie nous ont permis d'augmenter la précision des CD », explique Sébastien Fritz, ingénieur au service génétique de l'Unceia. Les index sont encore plus proches des valeurs génétiques vraies des animaux. La part de la variance génétique expliquée est maintenant de 50 à 70 % selon le caractère considéré, contre 40 % en moyenne en Sam2. Les gains de CD (critères détermination) sont donc importants. « Ils sont en moyenne de 0,10 point en holstein. » C'est l'équivalent de plusieurs dizaines de filles dans le modèle polygénique. Les CD se situent aux alentours de 0,70 dans les caractères de production, et 0,65 dans ceux de morphologie et en cellules ; 0,55 en fertilité. Par rapport au testage sur descendance, « les CD sont plus homogènes sur tous les caractères, note Sébastien Fritz. Ils sont un peu plus faibles en production mais bien supérieurs dans les fonctionnels ».

Autre élément important, la fiabilité de l'évaluation a nettement augmenté et notamment sur les produits issus de jeunes taureaux diffusés grâce à la génomique. Certes, « ces animaux ont encore un CD plus faible que les autres, note Sébastien Fritz, mais il s'en approche. Il est supérieur à 0,5 point et en contrepartie, ces animaux ont des niveaux génétiques très élevés grâce au raccourcissement de l'intervalle de génération. »

ÉLIMINATION DES EFFETS MILIEU CHEZ LES FEMELLES

Concernant les performances des femelles, elles ne sont plus intégrées directement dans le calcul de leur index. L'intégration des performances se réalise par la voie mâle au travers des effets liés aux QTL. Cette méthode, utilisée au Canada, permet d'atténuer l'impact des effets de milieu et ainsi de gommer les traitements préférentiels. Les performances propres des mères à taureaux influencent toujours leur index, mais de manière indirecte par la voie paternelle et via les QTL. Cette nouvelle méthodologie permet également de mieux évaluer les pedigrees étrangers ainsi que les taureaux ayant peu de filles en France. Cela permet aussi une meilleure évaluation des vaches fortement pénalisées par un accident. « Cette modification est majeure, insiste Sébastien Fritz. Près de 5 % des mères à taureaux subissent une importante variation de leur index liée à cette nouvelle méthode, et non à l'ajout de nouveaux QTL. »

Ces changements ont provoqué quelques bouleversements dans les classements. Les variations restent toutefois modérées. 70 % des taureaux présentent une variation inférieure à 10 points d'Isu et seulement 8 % ont une variation supérieure à 20 points. « 60 % des taureaux sont restés dans le top 100, souligne Sébastien Fritz. Et nous avons un meilleur éclatement des index dans les fratries. » Les progrès de CD devraient se stabiliser. Pour améliorer davantage la fiabilité des index génomiques, il est toujours possible d'augmenter la population de référence taureaux en collaboration avec l'Amérique du Nord (9 000 mâles). Aujourd'hui, « c'est difficilement envisageable politiquement », confie Sébastien Fritz. Les unités de sélection françaises se réjouissent de l'amélioration de la fiabilité des index génomiques et de l'éclatement des fratries. Toutes insistent également sur l'importance d'augmenter la variabilité génétique dans les programmes de sélection. En effet, une utilisation intensive d'un nombre très réduit de pères et de mères à taureaux ne permettra pas un gain significatif de progrès génétique, notamment à cause de l'accroissement du taux de consanguinité.