Single step : « Il n’y a pas de raison qu’un bon taureau dégringole en bas de classement »

Cet été a eu lieu une mise à jour des index Iboval un peu particulière. Les organismes de sélection des grandes races allaitantes ont profité du déploiement du Single Step pour donner un petit coup de jeune aux formules d’indexation du troupeau allaitant. Concrètement, avec le Single Step, les informations phénotypiques, généalogiques et génomiques sont maintenant utilisées de façon simultanée pour calculer un index unique.

Les très bons taureaux ne se sont pas transformés en mauvaises bêtes avec le Single step

Mais qui dit refonte du système d’indexation, dit modification de la notation des animaux. Et certains ont peur d’y perdre au change. Pour Marine Barbat, responsable génétique chez GenEval, il n’y a pas de crainte à avoir. « Un très bon taureau ne se transforme pas en mauvaise bête avec l’arrivée du Single step. » Des reclassements à la marge ont bien eu lieu : « le but n’était pas d’avoir le même classement qu’auparavant, mais quelque chose de plus précis », tranche la généticienne. « Si l’on avait la même indexation qu’avant, ça ne servait à rien de faire tout ça », enchérit Caroline Moulin, ingénieure génétique chez GenEval.

Jusqu’alors, seules les races Charolaise, Limousine et Blonde d'Aquitaine bénéficiaient d’une indexation génomique. Les races Aubrac, Salers, Rouge des Prés, Parthenaise, Bazadaise ainsi que Gasconne des Pyrénées peuvent désormais bénéficier d’index consolidés par les informations génomiques, dès lors qu’un prélèvement d’ADN a été réalisé sur l’animal.

La plus-value ? Une analyse plus fine du potentiel génétique des animaux. « Cela permet par exemple de différencier deux pleins frères », décrypte Marine Barbat. Avec le système polygénique, deux pleins frères bénéficiaient d’un index sur ascendance identique. Grâce au Single Step, la génomique entre dans l’équation. Elle permet d’identifier les allèles spécifiques que porte chaque individu. On obtient alors un index personnalisé, qui se rapproche le plus du potentiel de l’animal. L’arrivée du Single Step se traduit par des coefficients de détermination (CD) plus élevés. En effet, plus on dispose d’informations sur un animal, plus le CD est élevé et donc plus l’index est précis et susceptible de refléter la réalité.

L’arrivée du Single Step s’est aussi accompagnée d’autres évolutions dans les modèles d’évaluation.

On peut citer notamment la prise en compte du Tour de Poitrine en plus du Poids de Naissance pour les aspects naissance et l’évaluation conjointe des Poids Age Type 4 mois et 7 mois pour les aspects sevrage, ou encore la révision des formules pour les index CRsev et ALait.

La base mobile d’indexation évolue naturellement

Il faut avoir en tête qu’indépendamment du passage au Single Step, l’indexation évolue d’année en année du fait du progrès génétique. « Les index sont exprimés par rapport à une base mobile, mise à jour chaque année », rappelle Caroline Moulin. Constituée d’un groupe d’animaux nés sur une période glissante, elle évolue à mesure que la génétique de la race progresse. C’est ce qui explique que le niveau génétique des vieux animaux soit dévalué au fil des ans.

Il ne faut pas oublier que la publication de nouveaux index induit donc une réévaluation systématique des index de tous les animaux.

Mais les modifications opérées à l’été vont au-delà de ces changements habituels. Pour étudier les évolutions, des corrélations sont calculées entre les index. Dans ce cas précis, cela permet de surveiller les variations d’indexation entre le début d’année 2025, et l’été 2025 : le moment de l’application du nouveau dispositif. Résultat : les niveaux de corrélation sont « globalement élevés ». En gros, pas de reclassement massif des animaux. Mais les corrélations restent « systématiquement plus faibles que celles observées habituellement entre deux indexations successives ». Autrement dit, « on enregistre des variations d’index parfois significatives et inhabituelles ».

Étudier l’impact du Single Step index par index

Pour y voir plus clair, les généticiennes proposent de regarder les évolutions index par index. « Les index Naissance-Sevrage sont ceux qui connaissent les plus grandes variations », remarque Marine Barbat. Cela s’explique par une modification des formules de calcul : certains organismes de sélection ont profité de la refonte pour repenser certains index. Pour mesurer le poids à la naissance et l’aptitude au vêlage, les organismes de sélection incluent désormais la mesure du tour de poitrine du veau à la naissance. Une manière pour les éleveurs qui ne pèsent pas les veaux de remonter leurs données. « On voit que cela change beaucoup en Gasconne et en Salers. Ce sont des races avec des effectifs plus faibles donc plus fortement impactées. Sur d’autres races, comme la Charolaise ou la Blonde d’Aquitaine, c’est relativement stable ».

L’index CRsev, qui évalue la croissance jusqu’au sevrage et l’index ALait reflétant le potentiel laitier des mères, sont également concernés. « Avant, le poids âge type 7 mois était retenu pour les calculer. Aujourd’hui, on laisse le choix entre le PAT à 4 ou 7 mois, voire une combinaison des deux », explique la généticienne. Une manière de favoriser plus ou moins le potentiel laitier de la mère.

Pour le reste, les corrélations indiquent des changements relatifs. « Plus le chiffre est proche de 1, moins les reclassements sont nombreux ». Et le tableau ne suggère pas de remaniement majeur. « Il y a peut-être des animaux qui vont perdre un peu, d’autres qui vont gagner, mais il faut surtout retenir qu’ils seront plus proches de leur valeur réelle ».