La Cour européenne de justice avait été saisie en octobre 2011 par la Commission européenne, qui reprochait à la France de ne pas avoir mis en œuvre une décision de 2009 lui demandant de suspendre l'application de ses mesures nationales d'interdiction d'importations.
Parallèlement, la France avait introduit un recours en annulation de la décision de Bruxelles en 2008 d'assouplir les mesures de surveillance et d'éradication pour la protection contre les EST (encéphalopathies spongieuses transmissibles) des petits ruminants (ovins et caprins).
La justice européenne a d'abord confirmé la validité de ces mesures moins contraignantes, fondées sur des éléments nouveaux (nouvelles connaissances et découvertes scientifiques), visant notamment à éviter l'élimination totale d'un troupeau d'ovins ou de caprins lorsqu'il est atteint d'une EST dont il a pu être déterminé qu'elle n'est pas l'ESB (encéphalopathie spongiforme bovine). Elle a aussi jugé que la Commission « n'avait pas commis d'erreur manifeste d'appréciation du risque », en considérant extrêmement faible la probabilité qu'une EST des ovins et des caprins autre que l'ESB soit transmissible à l'homme. La Cour estime que lorsque apparaissent « des éléments nouveaux (...) modifiant la perception du risque ou montrant que ce risque peut être circonscrit par des mesures moins contraignantes que celles existantes, la Commission doit veiller à une adaptation de la réglementation aux données nouvelles ».
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