Approuvé en juillet 2012 par les experts des Etats membres de l'UE, le retour des farines de porc et de volailles (protéines animales transformées, Pat) pour nourrir les poissons d'élevage et les autres animaux d'aquaculture vient d'être autorisé par la Commission européenne à compter du 1er juin. En ce qui concerne une éventuelle utilisation des farines animales dans l'alimentation des porcs et des volailles, Guillaume Garot a déclaré : « La France considère que, dans le contexte où nous sommes, ça n'est pas à l'ordre du jour ». « Nous devons plutôt concentrer notre énergie pour remettre de l'ordre dans toutes les dérives que nous constatons et face aux pratiques frauduleuses que nous voyons aujourd'hui », a ajouté Guillaume Garot, lors de la séance hebdomadaire de questions à l'Assemblée nationale.
L'utilisation des farines animales pour les ruminants est interdite depuis 1997 en raison des risques de contamination par l'encéphalopathie spongiforme bovine (Esb), ou "maladie de la vache folle". L'interdiction avait été étendue en 2001 aux aliments pour tous les animaux de consommation.
S'agissant des poissons d'élevage, Guillaume Garot a réitéré la position de la France qui « considère que cette décision (de la Commission européenne) est mal venue et inopportune », rappelant que la France avait voté contre cette disposition en juillet 2012. Il a salué « les efforts faits par les aquaculteurs de France pour faire en sorte que la nourriture des poissons proscrive les produits issus d'animaux terrestres. C'est un engagement qui a été pris dans une charte de qualité et qui fait aujourd'hui autorité sur tout le secteur français ». Guillaume Garot a ajouté que le ministre de la Pêche, Frédéric Cuvilier « fait mouvement auprès de la Commission européenne pour qu'une filière alimentaire pour les poissons soit issue des rejets de pêche ».
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