La Cour des Comptes, qui en 2000 avait vivement critiqué la gestion de ces aides par l'association nationale pour le développement agricole (Anda) aujourd'hui dissoute, reconnait toutefois que "l'Etat a finalement repris en main la gestion de ce dispositif et l'a nettement améliorée". L'institution souligne que "le financement des syndicats d'exploitants agricoles est désormais assuré par l'Etat dans des conditions plus satisfaisantes", mais déplore "l'attribution d'aides au développement dans des conditions très critiquables en 2006".
« Confusion des objectifs et foisonnement d'organismes »
Les principaux reproches concernent les aides, qui "continuent a être réparties chaque année entre les mêmes organismes sur la base des dotations passées et sans être affectées à la réalisation d'objectifs précis", et leur évaluation qui reste "encore très insuffisante". De plus, "des associations proches du syndicalisme agricole reçoivent chaque année des subventions sans expertise suffisante de leurs projets". La Cour s'étonne également du "foisonnement d'organismes faisant du développement agricole avec des ressources publiques d'orgine très diverses sans aucune coordonation".
Dans sa réponse le ministre du Budget reconnait que "le souci de la Cour de bien distinguer, d'une part, le développment agricole, qui recouvre essentiellement des programmes de recherche appliquée à l'agriculture (...) et, d'autre part le développement rural (....) apparait particulièrement bienvenu compte tenu de la relative confusion des objectifs et du foisonnement d'organismes faisant du développement agricole à partir de ressources publiques d'origines diverses". Pour le ministre du Budget "la clarification des objectifs et la définition des priorités de la politique de développement agricole doivent permettre une attribution des aides beaucoup plus sélective".
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