Les moyens de ses services se répartissent en quatre missions : la mission " agriculture, pêche et affaires rurales " dotée de 2 953,6 millions d'euros de crédit de paiement (+1%) ; la mission sécurité sanitaire, avec 555,5 millions (+3,5%) ; la mission recherche et enseignement supérieur disposant de 276,6 millions (+5,7%) ; la mission enseignement scolaire, dotée de 1 280,1 millions d'euros soit un niveau stable par rapport à 2006.
Parmi les différents budgets, figurent: l'allègement des charges des exploitants agricoles, avec une mesure nouvelle de 40 millions ; le soutien aux actions de promotion internationale des produits agricoles et agroalimentaires, qui progressent de près de 20% ; une dotation de 25 millions pour bonification des prêts "calamités agricoles" et de "prêts de consolidation" la dotation à l'assurance récolte a éte portée de 20 à 25 millions. Les effectifs diminuent de 939 postes sur un total d'environ 13 000 emplois dans la mission agriculture. A noter que le financement des stages à l'installation (8,4 millions d'euros) est transféré vers le CAS-DAR (Compte d'affectation spécial du développement agricole et rural). Ces crédits du CAS-DAR s'élèvent, globalement, à 98 millions d'euros.
Dans un communiqué, la FNSEA a dénoncé " un budget agricole 2007 encore en baisse " en euros constants. " “Le ministère de l'agriculture, estime la FNSEA, aura moins d'argent pour assurer ses missions. "
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