Le séquençage génétique des prélèvements cloacaux de 18 poulets infectés, provenant de deux fermes de l'Etat de Lagos, séparées d'une cinquantaine de kilomètres, a mis en évidence l'existence de trois souches distinctes du virus. L'équipe de Claude Muller, du Laboratoire national de santé publique du Luxembourg, y a retrouvé des souches similaires à celles détectées en Asie occidentale (Mongolie, région de Qinghai en Chine, Crimée, Russie, Iran et Iraq), en Europe (Turquie, Croatie, France, Italie et Allemagne) et en Egypte.
Le Nigeria avait été le premier pays africain à annoncer un cas de grippe aviaire, le 7 février 2006, dans l'Etat de Kaduna. En dépit de la mise en place d'un cordon sanitaire pour le contenir dans le nord du pays, le virus s'est rapidement étendu à l'Etat de Lagos. Aujourd'hui, 14 des 31 Etats du pays ont été touchés et des suspicions pèsent sur un 15ème.
« Nos résultats montrent que le virus dans le sud-ouest du pays n'a pas été introduit par le nord, mais qu'il est arrivé de manière indépendante », souligne l'étude publiée dans le magazine scientifique britannique. « Il est donc difficile d'envisager que le virus puisse être contenu sans des mesures d'abattage, accompagnées de mesures de surveillance et d'une vaccination à large échelle », commente le Pr Muller.
L'article souligne l'importance de l'élevage de volailles au Nigeria, puisqu'il s'agit de la deuxième industrie du pays après le pétrole. Le pays africain « est particulièrement vulnérable face à l'introduction d'agents infectieux parce que les poulets sont importés du monde entier sans contrôles rigoureux de sécurité biologique ». « Cette vulnérabilité s'accroît d'autant que le pays compte beaucoup d'endroits où les oiseaux trouvent refuge le long des deux grands axes de migration qui relient le Nigeria avec le sud de la Russie et l'Europe, ainsi qu'avec l'Asie occidentale », ajoute le Pr Muller.
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