Focalisé sur le tripode agriculture-alimentation-environnement, l'Inra souhaite mettre l'accent dans ses recherches sur l'évolution des systèmes agricoles, la réduction des intrants (engrais, pesticides...), l'étude des nouvelles maladies, l'alimentation équilibrée et la "chimie verte". Mme Guillou s'est défendue de préconiser une agriculture déconnectée des réalités économiques. "Ce que l'on propose, ce n'est pas la fin de la rentabilité pour l'agriculteur. Sans rentabilité, il n'y aura plus d'agriculteurs", a-t-elle fait valoir. "La composante économique est inscrite dès le départ, dans notre cahier des charges, lors de nos études". "Les pratiques actuelles de l'agriculture en France ne sont pas durables", a souligné de son côté le directeur général délégué Guy Riba. "Il nous faut accompagner le monde agricole, la recherche ne peut avancer seule". Mme Guillou a estimé que son organisme et le monde agricole avaient recommancé à dialoguer pleinement après des années d'"éloignement". "Depuis les années 2000, la tendance s'est inversée", a-t-elle relevé, en mettant en avant l'augmentation du nombre de demandes adressées à son organisme. "Il y a des signes que les responsables agricoles ne se focalisent plus uniquement sur les politiques publiques de l'agriculture", selon elle.
L'Inra disposera en 2006 d'un budget de 680 millions d'euros, contre 644 M EUR l'année précédente. Sur ce total, 577 M EUR (+2,7% à structures constantes) viennent de l'Etat, le solde des ressources propres de l'organisme. Ces sommes permettront l'embauche l'an prochain de 63 chercheurs et 226 ingénieurs ou techniciens. 28 chercheurs et 20 ingénieurs pourront en outre être recrutés sur la période 2006/07 pour les nouveaux chantiers ouverts par l'Inra dans les biocarburants et les "systèmes agricoles innovants". L'Inra s'est par ailleurs félicité de l'augmentation de 25% du nombre de ses publications scientifiques depuis 1995. Cela lui vaut d'être classé deuxième organisme mondial de recherche en agronomie et en sciences des végétaux et de l'animal.
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