Cette mission comporte quatre programme: "Gestion durable de l'agriculture, de la pêche et développement rural" (1,462 milliard), "Valorisation des produits, orientation et régulation des marchés" (737 millions), "Forêts" (302 millions), "Conduite et pilotage des politiques de l'agriculture" (431 millions). Les sénateurs ont également voté le compte spécial "Développement agricole et rural", doté de 111 millions d'euros de crédits de paiement. Les trois autres programmes auxquels participe en outre le ministère de l'Agriculture dans le cadre de trois missions interministérielles s'intitulent "Enseignement technique agricole" (1,26 milliard), "Recherche et enseignement supérieur" (0,26 milliard), "Sécurité et qualité sanitaire de l'alimentation" (0,54 milliard).
Au total, c'est donc d'un budget de 5,01 milliards d'euros dont dispose le ministère de l'Agriculture, soit une augmentation par rapport à 2005 évaluée par la commission des Affaires économiques à 2,5%. Le rapporteur spécial Joël Bourdin (UMP) a toutefois souligné que cette mission ne regroupait pas "l'ensemble des concours publics en faveur de l'agriculture", puisqu'il ne tenait pas compte des crédits communautaires, qui devraient s'élever en 2006 à 10,5 milliards d'euros.
Les groupes socialiste et communiste ont voté contre ces crédits. André Lejeune (PS) a dénoncé dans ce budget "une volonté claire: celle de libéraliser l'agriculture". Gérard Le Cam (PCF) a jugé ce budget insuffisant: "La France rurale va mal, elle a perdu des dizaines de milliers de commerces, des services publics ont été mis à la casse", a-t-il protesté.
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