Bruxelles a accepté de co-financer ou de financer entièrement 129 programmes présentés par les différents Etats membres, avec une priorité accordée aux maladies transmissibles à l'homme.
Ainsi, la Commission a alloué 26,670 millions d'euros à l'éradication de la brucellose ovine, caprine et bovine, qui est à l'origine de la fièvre de Malte chez l'homme. 8,215 millions d'euros seront consacrés à la lutte contre la rage et 7,9 millions contre la tuberculose bovine, qui peut être transmissible à l'homme. Bruxelles a également décidé de co-financer les programmes d'éradication de l'ESB (encéphalopathie spongiforme bovine) dans toute l'Europe à hauteur de 8,710 millions d'euros et a accordé 88,305 millions d'euros pour le contrôle des autres encéphalopathie spongiforme transmissibles (EST). Un montant de 34,138 millions d'euros sera également consacré en 2006 aux programmes d'éradication de la tremblante du mouton, notamment dédiés au co-financement de l'abattage obligatoire des ovins.
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