Créé en 1964, le dispositif se veut un "filet de sécurité" pour l'agriculteur: il ne compense pas intégralement la perte, contrairement à une assurance, mais indemnise à hauteur de 30% environ les dégâts exceptionnels (gel, sécheresses, pluies violentes, neige), afin de permettre la survie de l'exploitation.
Dans une première étape, le préfet organise une mission d'enquête sur le terrain, avec le concours de la Direction départementale de l'agriculture et des organisations professionnelles agricoles. La mission se rend sur les lieux et évalue l'ampleur des dégâts. L'indemnisation est calculée en fonction des pertes: la récolte doit afficher une baisse de 27% par rapport à la normale, et la perte représenter 14% de la production de l'exploitation.
La mission rend un rapport au préfet, qui décide de solliciter la reconnaissance du sinistre pour tout ou partie du département, et pour tout ou partie des récoltes. La Commission nationale des calamités agricoles examinera les premiers dossiers le 8 septembre et pourrait décider des taux d'indemnisation plus généreux pour les agriculteurs les plus touchés, selon le ministère.
Le dispositif, créé par une loi de 1964, puise dans un fonds de calamités agricoles, alimenté chaque année à hauteur de 80 millions d'euros par une taxe sur les polices d'assurance des agriculteurs (incendie et véhicules agricoles).
Le fonds suffit pour les petits événements, mais doit être abondé par l'Etat pour les plus graves. En 2003, la sécheresse qui a accompagné la canicule avait déclenché une procédure de calamités agricoles dans 83 départements, pour un total de 600 millions d'euros d'indemnisations.
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