La qualité sensorielle du fromage Saint-Nectaire se joue conjointement à la fromagerie et à l'étable.

Les chercheurs ont reproduit de manière expérimentale deux systèmes de production simplifiés : d'une part des vaches de race Holstein alimentées à l'ensilage d'herbe, d'autre part des vaches de race Montbéliarde alimentées avec du foin. Le lait produit par les animaux de chacun de ces deux systèmes a été transformé en fromage de type Saint-Nectaire selon deux technologies de fabrication : l'une voisine de celle pratiquée par les producteurs fermiers (avec du lait entier), l'autre de celle suivie en laiterie (avec du lait partiellement écrémé).
L'effet de la technologie de transformation est le plus important: les fromages fermiers sont plus fondants (probablement du fait d'une acidification du fromage plus tardive) et présentent un goût et des arômes plus prononcés.
Le système de production (race et alimentation) a un effet sur la composition chimique du lait : plus riche en protéines pour les Montbéliardes nourries au foin que pour les Holstein nourries à l'ensilage, tandis qu'un résultat inverse a été observé sur la richesse en matière grasse. Ces différences se répercutent essentiellement sur les caractéristiques physico-chimiques des fromages et leur texture : plus gras et plus fermes pour ceux issus des vaches Holstein nourries à l'ensilage, plus fondants pour ceux issus des vaches Montbéliardes nourries au foin. Cet écart est probablement dû à des différences de teneur et de composition de la matière grasse. On observe également des différences importantes de couleur des fromages du fait de la plus forte teneur en carotènes des laits issus d'une alimentation à l'ensilage.
Ces écarts sont beaucoup plus marqués en technologie fermière qu'en technologie laitière qui semble masquer en partie les effets du système de production. Dans cette dernière, la standardisation du rapport matières grasses/protéines du lait conduit à réduire fortement les effets du système de production sur la texture des fromages et leur taux de matière grasse. Cet essai illustre les interactions qu'il peut exister entre les facteurs de production du lait et la technologie mise en œuvre.