Mammites : l’analyse par PCR est parlante mais discutable

Connaître les bactéries responsables des infections mammaires est utile pour choisir le bon antibiotique, que ce soit pour un traitement de mammites cliniques ou au moment du tarissement. Cela permet aussi de confirmer le modèle épidémio-logique du troupeau : contagieux ou environnemental. De plus, il est important d’identifier des pathogènes présentant un risque de santé publique, comme les salmonelles ou la listéria.

La méthode d’identification de référence consiste à réaliser une culture bactérienne après un prélèvement de lait de quartier. Mais on lui reproche un délai de réponse long (plus de quarante-huit heures) et un manque de sensibilité. Ainsi, la culture bactérienne peut aboutir à des résultats faussement négatifs, notamment pour des mammites subcliniques avec excrétion intermittente de Staphylococcus aureus ou des mammites aiguës à coliformes qui présentent une forte réaction inflammatoire, donc peu de germes vivants. Car la culture bactérienne ne met en évidence que des bactéries vivantes. Elle ne peut donc pas s’utiliser sur des échantillons congelés ou contenant des conservateurs ou des antibiotiques.

Sensibilité, rapidité et spécificité

L’arrivée, il y a quelques années, d’une nouvelle méthode d’analyse par PCR (réaction de polymérisation en chaîne) laissait espérer de nouvelles perspectives dans l’identification des germes liés aux mammites. Il s’agit d’une technique d’amplification de l’ADN, qui permet un grand nombre de copies d’une séquence d’ADN cible.

Ses principales qualités : une grande sensibilité, sa spécificité et sa rapidité. Un grand nombre d’espèces bactériennes, notamment les plus couramment impliquées dans les mammites, peuvent être identifiées. L’identification peut être obtenue en deux à quatre heures.

La PCR peut être utilisée sur du lait congelé ou contenant un conservateur, car elle est capable de détecter des bactéries mortes ou inhibées. L’échantillon peut être prélevé sur du lait de tank. La sensibilité de la PCR permet de détecter des pathogènes en faible nombre, comme les coliformes lors de mammites cliniques aiguës, alors que la culture bactérienne peut se révéler négative.

Une interprétation délicate

Mais cette très grande sensibilité de l’analyse par PCR est aussi son principal défaut, comme le souligne Bernard Poutrel, consultant en santé animale et directeur de recherche honoraire de l’Inra. « Lors d’un prélèvement de lait de quartier, si les conditions d’asepsie ne sont pas scrupuleusement respectées, ce qui est souvent le cas sur le terrain, plusieurs espèces bactériennes seront identifiées. Cela peut aller de deux à quatre, dont certaines ne sont que des contaminants. Il est alors difficile de déterminer quelle est l’espèce impliquée dans l’infection mammaire. »

La PCR donne un résultat semi-quantitatif en affichant plusieurs classes de présence des germes. Le germe avec le signal le plus fort peut-il être considéré comme responsable de l’infection ? « Ce n’est pas toujours vérifié, surtout en cas de contamination importante de l’échantillon. Une PCR positive peut aussi détecter des bactéries non viables et conclure à des faux positifs en cas d’infections guéries », ajoute Bernard Poutrel.

La PCR réalisée sur du lait de tank permet-elle d’identifier les pathogènes responsables d’infections mammaires dans le troupeau et ainsi de valider le modèle épidémiologique, contagieux ou environnemental ?

Identifier les germes dans le lait de tank

« La PCR sur le lait de tank n’est informative que si les analyses sont réalisées fréquemment, ce qui économiquement peut être difficile à prescrire. De plus, identifier dans le lait de tank des pathogènes présents également dans l’environnement, tels que Escherichia coli ou Streptococcus uberis, n’indique pas de façon certaine qu’ils proviennent de la mamelle. En revanche, l’interprétation est plus précise quand sont identifiées dans le lait de tank des bactéries qui ont une localisation uniquement intramammaire, comme Streptococcus agalactiae ou les mycoplasmes », répond Bernard Poutrel.

La PCR sur lait de tank garde aussi tout son intérêt pour déceler des pathogènes dangereux pour la santé publique, tels que les salmonelles ou la listeria, même en faible quantité. « C’est le principal intérêt de la PCR. En cas de résultat positif, il est possible de faire des PCR sur des laits de mélange de plusieurs vaches réparties en lots et de parvenir de proche en proche à identifier les animaux excréteurs. Mais pour les diagnostics bactériologiques des infections mammaires ordinaires, la culture bactérienne à partir du lait de quartier est plus facile à interpréter, d’autant qu’il est possible d’améliorer sa sensibilité en augmentant la taille de l’inoculum de lait déposé sur la gélose », conclut Bernard Poutrel.