Bientôt un index holstein de résistance à la paratuberculose

La paratuberculose fait partie des bêtes noires des éleveurs laitiers. Elle compte parmi les maladies diffi­ciles à éradiquer et touche une majorité d’élevages : deux tiers des élevages français recensent au moins un animal infecté. Le plan d’assainissement mis en place avec les GDS est actuellement le seul moyen pour lutter contre la paratuberculose. Il dure plusieurs années, sans avoir la certitude de la dispa­rition complète de la bactérie Mycobacterium avium para­tuberculosis dans l’élevage. « La paratuberculose est éradiquée totalement dans 25 % à 50 % des cas, selon le niveau d’infection du troupeau et l’implication de l’éleveur, mais globalement lasituation ne s’améliore pas dans les départements », précise Arnaud Delafosse, directeur du GDS de l’Orne. En plus des pertes subies par les éleveurs, les GDS du Grand Ouest estiment le coût de gestion à 3,5 M€ par an pour les 14 départements.

« La loi de santé animale euro­péenne, appliquée en France depuis avril 2021, change le statut de gestion de la paratuberculose, ajoute-t-il. De gestion facultative non réglementée, elle est devenue une maladie à déclaration obligatoire et soumise à condition d’échanges au sein de l’Union européenne. » Le monde de l’élevage attend la publication de ses modalités de mise en œuvre. Dans ce contexte, l’arrivée d’un indicateur génomique de résistance à la paratuberculose est la bienvenue. Il élargira le panel de lutte. La race holstein devrait ouvrir le bal pour la campagne d’accouplement 2022-2023 (mi-2022). Il lui faut d’abord finaliser les chaînes d’indexation, le système d’information des éleveurs (fiches de génotypage, outils de plans d’accouplement) et la coordination des entreprises de sélection et des GDS.

Huit QTL de résistance identifiés

Cet index est le fruit d’un travail de huit ans du consortium Paradigm­, qui rassemble les réseaux des GDS de France et du Grand Ouest et les acteurs de la géné­tique⁽¹⁾.

Paradigm est parti du constat, conforté par des publications étrangères, que dans un même élevage, des animaux sont plus résistants que d’autres. Il a génotypé 3500 femelles holsteins en plan d’assainissement sur une population de référence qualifiée de 51 200 femelles. Elles ont été classées en animaux sensibles ou résistants. Le croisement de leurs génotype et phénotype a révélé huit régions génomiques, appelées aussi QTL (quantitative trait locus), de résistance à la paratuberculose que l’on peut désormais utiliser pour le génotypage des mâles et des femelles.

Seulement 5 % des femelles sont très sensibles

Ce travail aboutit à quatre catégories d’animaux : très sensible (animaux­ excréteurs massifs, 5 % des femelles), sensible (20 % des femelles), intermédiaire (50 %) et résistante (25 %).

Côté mâles, quand elles seront prêtes, les entreprises de sélection (ES) Innoval et Gènes Diffusion indiqueront par une pastille verte les taureaux améliorateurs de résistance dans leur catalogue. En amont, elles élimineront les taureaux très sensibles. Côté femelles, c’est leur génotypage qui donnera leur qualification à l’éleveur. « La génétique ne va pas régler le problème de la paratuberculose mais va aider », précise Arnaud Delafosse.

Comment intégrer les données génétiques dans le plan d’assainissement ?

Actuellement, le premier dépistage des femelles excrétrices de la bactérie se fait à l’âge de 24 mois, puis à chaque mois anniversaire. Celles détectées positives sont réformées. Dans le nouveau plan, elles seront génotypées à 12 mois. De leur profil génétique de résistance dépendra leur gestion. « Par exemple, le protocole des génisses très sensibles sera renforcé. Celui du profil intermédiaire reprendra celui appliqué jusque-là et celui des très résistantes sera allégé. »

Génisses très sensibles : protocole renforcé. Les génisses sont réformées à 12 mois, dans la foulée de leur génotypage. Si l’éleveur souhaite les conserver car elles présentent un intérêt génétique par exemple, un dépistage sera réalisé tous les six mois pour s’assurer qu’elles restent négatives. « Elles seront alors accouplées à un taureau résistant pour corriger leur profil sur leur descendance. » En revanche, si elles sont positives, elles seront réformées. « Les femelles sensibles sont détectées rapidement, ce qui évite d’élever des animaux dont l’issue est l’abattoir, voire l’équarrissage. Ce sont des charges d’élevage en moins. »

Génisses résistantes : protocole allégé. Leur premier dépistage a lieu à l’âge de 24 mois, puis deux ans après. « L’allégement du dépistage est un coût en moins. Dans le même temps, l’efficacité du plan d’assainissement se renforce. Sa durée s’en trouve réduite. »

Comment améliorer la résistance globale du cheptel ?

L’utilisation de taureaux résistants augmentera progressivement la résistance globale du cheptel. « À terme, il n’y aura quasi plus d’animaux très sensibles dans l’élevage et donc de formes graves d’entérites chez les vaches. » L’efficacité du nouveau plan d’assainissement dépendra de la bonne coordination entre le GDS du département et l’entreprise de sélection avec laquelle travaille l’éleveur. Cela demande en particulier une interface commune rassemblant les informations génétiques et de santé. Les deux acteurs de l’élevage ont testé cette année leur collaboration dans neuf élevages pilotes des Côtes-d’Armor et de l’Orne. Eux et les autres membres du consortium se sont répartis la propriété intellectuelle qui sera rémunérée par la commercialisation de l’index paratuberculose. « Cet index paratuberculose est une première mondiale », souligne Arnaud Delafosse.

(1) Le consortium Paradigm est composé des GDS France et Ouest (40 % du consortium), des entreprises de sélection via Allice, de l’Inrae, d’Oniris et d’Apis-Gène.