Génomique. Apparus il y a bientôt vingt ans et renforcés par l’arrivée de la génomique, les index fonctionnels permettent d’effectuer une sélection rentable, malgré une héritabilité souvent faible.
Contrairement aux caractères de production (lait ou taux), les fonctionnels ne permettent pas d’augmenter les produits de l’exploitation. Ils visent plutôt à diminuer les dépenses et les pertes. Ces index se caractérisent aussi par une héritabilité faible à moyenne. Ils sont parfois corrélés négativement avec d’autres caractères importants. C’est le cas de la fertilité par exemple, qui tend à baisser quand le lait augmente. « Cependant, grâce à la sélection, il est possible de faire progresser ces deux postes simultanément », indique Pascale Le Mézec, chef de projet au service gestion et sélection des populations à Idele.
Ces caractères ont aussi en commun une forte variabilité entre les animaux et leur expression est sensible à l’environnement. Autre difficulté, les enregistrements concernant ces caractères n’ont commencé que tardivement. Le premier index cellules date de 1997. Il a fallu attendre 2012 pour publier un index de synthèse de santé de la mamelle. Or, en raison de la faible héritabilité, la sélection sur ces critères impose une importante masse de données, et donc du temps.
La génomique a boosté le progrès possible
Et pourtant, la sélection sur les index fonctionnels est rentable pour les éleveurs. C’est la génomique qui a permis d’accélérer le progrès génétique sur ces postes. Avant, l’addition des informations issues de la généalogie et des performances ne permettait pas d’atteindre un CD de 30 %, nécessaire pour une publication. Avec le génotypage, on parvient à un CD de 60 à 65 % pour les cellules ou les mammites cliniques, par exemple. La génomique permet donc de calculer des index plus précis et plus précoces pour les mâles sur la fonctionnalité. Et elle a rendu possible l’indexation des femelles. Le poids de ces index dans la sélection s’est donc accru.
L’arrivée des filles des premières générations de mâles mis en service avant d’avoir des index sur descendance a confirmé la fiabilité des index. Ainsi, en moyenne, la variation d’Isu est inférieure à dix points avec la prise en compte des filles pour 62 % des taureaux holsteins, 70 % des montbéliards et 75 % des normands.
L’effet de l’utilisation de ces index dans la sélection commence à se voir dans les élevages. Il existe un lien visible entre les comptages cellulaires et les index cellules. Ce lien est d’autant plus fort que l’environnement de l’élevage est défavorable. Autrement dit, les troupeaux qui ont des problèmes de leucocytes sont ceux qui peuvent tirer le plus grand bénéfice d’une sélection sur la santé de la mamelle.
Des améliorations lentes mais sensibles
L’analyse de l’évolution des comptages cellulaires en élevage montre en moyenne un recul de la proportion des résultats supérieurs à 300 000 cellules. Ils représentaient 13 % des résultats en 2000-2003 contre 11 % en 2012-2015. Pourtant, les conditions de milieu ne paraissent pas avoir sensiblement évolué. C’est donc probablement la meilleure résistance moyenne des vaches qui permet ce recul. Avec la baisse du risque de pénalité, l’avantage économique est évident pour les éleveurs.
Ces résultats fluctuent selon les races. D’une part, le poids de la santé de la mamelle est variable dans l’Isu. D’autre part, le choix de taureaux par les éleveurs compte. Ainsi, la lente amélioration constatée en race montbéliarde au début des années 2000 semble interrompue. De même, la normande ne progresse plus alors qu’elle avait obtenu des résultats probants après 2008. À l’inverse, la holstein s’améliore de manière soutenue depuis 2008. L’offre de taureaux a permis aux éleveurs qui le souhaitaient d’accentuer la sélection sur la santé de la mamelle. La brune progresse bien aussi.
Dans le domaine de la reproduction, la sélection apporte également un plus indéniable. On le constate dans les études sur des durées longues. La réussite à l’insémination progresse un peu et l’intervalle entre deux vêlages se stabilise. Un point d’index reproduction chez un mâle augmente la réussite en première insémination de 3,5 % chez ses filles.
Ces performances peuvent aussi être liées à des facteurs conjoncturels (FCO, fin des quotas). Depuis quelques années, l’utilisation de semences sexées a un impact sur la fertilité des génisses. La fertilité des doses sexées est inférieure de 10 à 15 %. En 2015, plus des deux tiers des génisses en ont reçu.
La lecture du bilan génétique montre bien le poids des choix des éleveurs dans les progrès réalisés. Ceux qui détiennent des troupeaux holsteins sont ceux qui ont le plus misé sur les taureaux positifs en reproduction. Logiquement, ils ont davantage progressé. La pondération de l’Isu compte aussi. La reproduction entre pour 22 % en race holstein contre 15,5 % en race normande. Cette dernière progressera donc moins vite.
Il ne fait ainsi aucun doute que la sélection permet d’améliorer les résultats techniques, et donc économiques, d’une exploitation. Le niveau génétique des vaches monte sur les postes fonctionnels. Cependant, les progrès ne sont pas immédiats. Et leur ampleur restera liée aux conditions d’élevage.
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