L’indexation adopte le modèle single step

Jusque-là, le calcul des index s’effectuait en deux temps. Tout d’abord, le pedigree et les performances mesurées étaient utilisés pour réaliser une évaluation dite polygénique. D’autre part, pour les animaux typés, leur génotypage et leur index polygénique étaient combinés pour obtenir l’index final. Dans ce modèle en deux étapes, la sélection des jeunes candidats, sur la base de leur index génomique, n’était pas prise en compte dans l’indexation polygénique, qui tendait donc à les sous-estimer. Au final, ce système conduisait à une baisse quasi-systématique des index, au moment de la prise en compte des performances des filles, laissant penser que les premiers index génomiques étaient surestimés. Il s’agissait en réalité de l’effet d’une sous-estimation des index polygéniques. Ce biais de présélection était connu ; pour autant, il restait difficile à corriger sans une profonde évolution méthodologique.

Le nouveau système dit « single step » (une seule étape, en français) permet de supprimer ce biais de présélection. Il intègre simultanément la totalité des informations disponibles (généalogie, génomique et performances). La valeur sur ascendance (au sens large, c’est-à-dire pour un jeune animal) est la valeur génomique, et non plus la moyenne de la valeur des deux parents. « Le single step prend en compte la sélection et le biais lié à la présélection disparaît donc », précise Didier Boichard, directeur de recherche à Inrae. De plus, toute l’information est enregistrée, ce qui permet de gagner en précision.

Une mise en œuvre dès l’indexation d’avril

Cette méthodologie devient la norme sur le plan international. En France, elle s’applique pour la première fois chez les bovins laitiers avec la publication des index d’avril 2022. Il n’y a donc plus de distinction entre les index polygéniques et génomiques mais une précision signalant la prise en compte ou non du génotypage. Pour une race donnée, la moyenne des index sera peu affectée. En revanche, les écarts-types seront un peu plus élevés, du fait du gain de précision et de l’augmentation d’esti­mation du progrès génétique. Les meilleurs monteront donc plus dans les classements, tandis que les moins bons descendront davantage.

La résistance à la paratub a pu être évaluée

Par ailleurs, le single step ouvre la voie à d’autres évolutions, notamment dans l’évaluation de nouveaux caractères. La méthode en deux étapes nécessitait une population de référence, formalisée grâce à des animaux avec phénotype et génotype. Le single step permet de tirer parti de toute l’information, y compris des animaux non génotypés. Ainsi, la résistance à la paratuberculose est désormais évaluée pour la holstein. Des travaux sont en cours pour la race normande. La méthodologie est applicable aux autres races.