La course aux nouveaux index est lancée

De très nombreux caractères sont héritables, à des degrés divers, et peuvent donc être améliorés via la sélection. Cela suppose de les traduire en index. Selon la définition de Idele, « indexer, c’est estimer la valeur génétique d’un animal, c’est-à-dire ce qu’il est capable de transmettre à un descendant ».

Cette estimation se fonde sur la ­connaissance de l’animal (performances et génotypage), mais aussi sur celle de sa famille, de ses contemporains et des conditions de son élevage. Après les index de production et de morphologie qui ont permis une première phase de sélection, les caractères fonctionnels se sont développés depuis une quinzaine d’années. Cette évolution se poursuit et de nouveaux index apparaissent.

Quels sont ceux à attendre dans le futur ?

« Les demandes en matière d’indexation sont de plus en plus complexes », constate Roxane Vallée, chef de projet au service performances et phénotypes à Idele. De nombreux caractères sont déjà indexés, mais il est possible d’aller plus loin. Tous les éleveurs observent, par exemple, des écarts d’efficacité alimentaire entre des animaux conduits de manière identique (voir encadré), ce qui induit l’idée d’une différence individuelle.

On voit bien aussi que les animaux ne sont pas égaux sur le plan de la résistance aux maladies. Des index existent déjà pour la résistance aux mammites, la santé du pied ou la sensibilité à l’acétonémie. Mais on peut imaginer des index de résistance aux autres maladies métaboliques, à la paratuberculose ou encore au parasitisme. De même, la composition fine du lait ou ses qualités technologiques varient selon les animaux. Il y a aussi la production de rejets, avec l’idée que certains animaux sont plus « verts » que d’autres.

Pourquoi en chercher d’autres ?

L’intérêt de travailler sur de nouveaux critères a plusieurs origines. On peut citer la révolution génomique, qui permet d’avancer beaucoup plus vite sur le progrès génétique, y compris sur des caractères peu héritables.

De nouvelles préoccupations appellent aussi à l’élaboration d’outils inédits en élevage. Ainsi, la réduction de l’usage des antibiotiques justifie de chercher à améliorer la résistance des animaux. Certains index pourraient faire progresser la performance environnementale des élevages, ce qui représente une autre attente sociétale. Les nouveaux index doivent aussi servir la rentabilité en réduisant les coûts (vétérinaires, alimentaires) et les pertes (animaux, lait).

Par ailleurs, l’évolution des techniques, notamment le développement de capteurs en tous genres, fournit une masse d’informations nouvelles qui peut être utilisée pour produire des index. Enfin, la concurrence se durcit entre les entreprises de sélection. Créer de nouveaux index privés permet de se différencier.

Comment indexer de nouveaux caractères ?

La création d’un nouvel index implique d’abord de phénotyper des animaux. Autrement dit, le caractère doit pouvoir être mesuré sur une population. Ensuite, une correspondance peut être recherchée. « Le phénotypage est devenu le facteur limitant pour produire de nouveaux index », précise Roxane Vallée. La taille de la population à phénotyper dépend de l’héritabilité du caractère. Ainsi, le potentiel laitier a une héritabilité de 0,3, ce qui est assez élevé. Il faut ­connaître les performances et le génotype de 10 000 animaux pour calculer un index avec un CD à 0,64.

Pour mesurer de nouvelles performances, il faut disposer d’outils. Le carnet sanitaire regorge d’informations qui pourraient être exploitées. Le nouvel index santé du pied d’Évolution (voir page 57) repose sur l’utilisation des données du parage effectué par les techniciens des Ecel.

Quels sont les freins à ces recherches ?

Entre l’intuition qu’un caractère est héritable et la production d’un index, il existe un pas énorme. L’accès aux données constitue une première étape. Traditionnellement, c’est le contrôle de performances qui fournissait ces informations. Or, avec le règlement zootechnique européen, ce cadre est en train de changer. Les scientifiques peuvent craindre un accès plus restreint à ces données, en fonction des stratégies des Ecel et des éleveurs. De plus, la récupération des données mesurées dans les élevage (robots de traite, compteurs à lait, monitoring…) n’est pas systématique. L’éleveur doit être d’accord pour les partager. Et il faut parfois lever des obstacles techniques.

Enfin, la masse de données nécessaire à l’élaboration d’un nouvel index est d’autant plus importante que son héritabilité est faible. Lorsque la génomie a fait ses premiers pas, les scientifiques pensaient que les petites races bénéficieraient, à terme, des avancées réalisées en race holstein. Mais en fait, la correspondance observée entre un caractère et une zone du génome n’est pas forcément identique d’une race à l’autre. Pour les races montbéliarde et normande, il faut que les femelles participent à la population de référence, pour la renforcer. Les races régionales doivent faire de gros efforts de génotypage et de phénotypage pour y arriver. Dans ces races, la précision des index génomiques reste inférieure, et ce sera pour elles plus compliqué de disposer d’index sur des caractères peu héritables comme la résistance aux maladies.