La microflore digestive des oiseaux varie en fonction de l'âge de l'animal, de son environnement, du stress et de l'alimentation. Elle entraîne des changements de la structure et du fonctionnement du tube digestif et donc des modifications de la digestion des aliments, ainsi qu'une augmentation des besoins énergétiques.
La flore indigène a des conséquences sur la santé de l'animal du fait de la production de différents métabolites.
Ainsi elle peut avoir un effet protecteur vis-à-vis des micro-organismes néfastes et est responsable en partie du développement du système immunitaire intestinal.
Tous ces effets ont des conséquences sur la croissance de l'animal, ainsi que sur la composition et la qualité organoleptique de la viande et de l'œuf. C'est pourquoi une connaissance plus approfondie de la microflore et de ses conséquences est nécessaire afin d'en tirer un bénéfice pour l'animal et le producteur.
Jusqu'à présent la microflore intestinale des oiseaux et ses variations étaient contrôlées par les antibiotiques facteurs de croissance. Avec leur suppression annoncée en Europe pour 2006, des alternatives devront être développées pour maîtriser la microflore car toute modification même légère de celle-ci peut avoir des conséquences économiques importantes.
Dans le cadre de la recherche d'alternatives aux antibiotiques facteurs de croissance, de nombreuses solutions ont été proposées aussi bien au niveau de la gestion sanitaire et hygiénique des élevages, qu'au niveau de l'alimentation.
Dans le premier cas, on peut limiter le développement de la microflore néfaste en gérant au mieux l'aménagement des bâtiments et en pratiquant le vide sanitaire, ce qui est largement effectué en France.
Au niveau nutritionnel, de nombreuses alternatives ont été proposées - traitements technologiques, composition de l'aliment, -. Pour les traitements technologiques, on peut d'une part stériliser les aliments en vue de limiter l'apport de flores exogènes, d'autre part utiliser un traitement technologique approprié pour augmenter la digestibilité de l'aliment.
En ce qui concerne la composition de l'aliment, on peut utiliser des acides aminés de synthèse ou des enzymes.
On peut aussi chercher à protéger l'hôte contre l'action néfaste de certaines bactéries.
Ainsi des substances naturelles, comme la bétaïne, peuvent être utilisées pour protéger la muqueuse intestinale.
On peut aussi améliorer l'immunité intestinale par la voie alimentaire. La microflore ou son action peuvent être contrôlées en utilisant des pro et des prébiotiques. De nombreux travaux ont été effectués ces dernières années dans ce domaine mais les résultats sont très variables.
Les effets de la modification de la flore dépendent de très nombreux facteurs : type de bactéries et quantités utilisées, additifs présents dans le probiotique, alimentation, type d'animaux cible, conditions d'élevage (présence ou non de stress).
Ainsi bien que de nombreuses études concluent à un effet bénéfique, d'autres ne montrent aucun effet de la modification de la microflore, voire des effets négatifs.
Il s'avère donc important de connaître les effets des différents types de micro-organismes pour pouvoir à l'avenir orienter la flore dans un but bénéfique.
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