Génétique Accélérer le progrès génétique grâce à l’analyse du microbiote

Depuis maintenant trois ans, le groupe coopératif Gènes Diffusion a mis en service son programme GHP (Génétique haute performance). Il découle du constat que les performances génétiques d’un même taureau varient d’un élevage à l’autre, avec des types génétiques qui surperforment ou sous-performent selon les situations.

C’est le point de départ d’un programme de recherche qui a permis d’établir un lien direct entre le type génétique et l’environnement global de l’élevage, plus précisément entre l’ADN du bovin et celui du microbiote ambiant. « À partir de la connaissance du microbiote, les chercheurs ont pu mettre au point un algorithme pour recalculer les index génétiques de chaque reproducteur en fonction des caractéristiques de chaque élevage, explique Christophe Lambert, technicien génétique chez Gènes Diffusion. Sur le terrain, cela permet de personnaliser les plans d’accouplement au plus près des objectifs des éleveurs. »

« Cette approche faisait écho à nos questionnements »

Ce service est actuellement disponible sur les index de production : le lait, les taux, la matière utile et les cellules. C’est d’ailleurs sur le lait que les variations les plus importantes sont constatées : plus ou moins 750 kg de lait après recalcul des index. « L’approche par le microbiote faisait écho à nos questionnements concernant le choix des meilleurs taureaux en semences sexées et l’expression du potentiel des descendantes», expliquent Catherine et Arnaud Faucheron, associés au Gaec Le Moulineau. Féru de génétique, le couple d’éleveurs a donc fait le choix, il y a deux ans, de souscrire à ce nouveau service en vue de franchir des paliers plus rapidement. « Dans une logique de rentabilité des investissements, notre objectif est de produire 1,2 Ml de lait au robot de traite, avec le minimum de vaches pour faciliter une circulation fluide dans la stabulation, limiter les problèmes sanitaires et aussi pour se libérer du temps. »

Les jeunes éleveurs sont à la tête d’un troupeau de 120 vaches laitières, traites par deux robots DeLaval. L’âge au premier vêlage est de 24,9 mois, avec deux périodes mise-bas au cours de l’année : de septembre à décembre, puis de mars à juillet, « ainsi nous évitons d’élever des veaux en hiver à une période où ils patinent. Cela permet en outre de faire une pause pendant les fêtes de fin d’année et de prévoir des phases de vide sanitaire en nurserie. »

Trois prérequis sont nécessaires pour adhérer au programme GHP : un élevage de race holstein, inscrit au contrôle de performance ou équipé d’un robot Lely, associé au génotypage de toutes les femelles pour l’extraction des données de production.

Les semences sexées réservées aux meilleures souches

La première étape repose sur l’analyse du microbiote intestinal du troupeau en laboratoire, à partir de prélèvements de bouses en élevage réalisés par les techniciens Gènes Diffusion. La caractérisation du microbiote, enrichi à la fois par les données du génotypage et du contrôle de performances ou du robot de traite, va permettre d’élaborer l’algorithme de recalcul des index standards des reproducteurs (voir l’infographie ci-contre). L’élevage a ainsi à disposition une offre génétique qui lui est propre, et qui est utilisée dans le cadre des plans d’accouplement élaborés avec le technicien. Coût de l’opération : 49 €/vache, dans le cadre d’un forfait génétique.

Le génotypage apporte par ailleurs de la précision sur la voie femelle. Il permet aux éleveurs de cibler les meilleures souches destinées au renouvellement, avec ici un axe de sélection prioritaire : le lait, sans bien sûr détériorer les taux, mais aussi la santé des pieds et des mamelles et la reproduction. « Grâce au génotypage, nous pouvons trier les meilleures souches, auxquelles nous réservons les doses de semences sexées issues des meilleurs taureaux, afin d’assurer le renouvellement en limitant les coûts ».

Élargir l’approche à de nouveaux indicateurs

Dans la pratique, en prenant en compte les index des reproducteurs recalculés, le Gaec insémine près de 75 % des génisses avec des doses sexées, soit une vingtaine pour chaque période de vêlage. À l’échelle du troupeau, ce sont 40 % des femelles qui reçoivent des semences sexées, 10 % sont inséminées avec des semences conventionnelles et 50 % en croisement viande avec des mâles de races Hereford et Angus en vue de fournir la filière commerciale Herbopack (mâles et femelles croisés abattus entre 24 et 28 mois).

Alors que les premières génisses issues des plans d’accouplement GHP sont mises actuellement à la reproduction, l’évaluation du niveau génétique du troupeau montre une accélération du potentiel génétique entre chaque génération sur l’index laitier (voir l’infographie). Après une phase d’installation et d’agrandissement du troupeau qui a conduit à élever beaucoup de génisses, il s’agit désormais de limiter le taux de renouvellement autour de 30 %. Parallèlement, les éleveurs n’ont pas hésité à faire du prélèvement d’embryons pour multiplier les meilleures souches encore plus rapidement. Quatre embryons femelles issus d’une vache à 197 d’ISU ont ainsi été récemment transplantés dans le troupeau. Une approche qui permet aujourd’hui d’intégrer le schéma de sélection de mères à taureau de Gènes Diffusion. « Cette stratégie nous a permis de passer rapidement les paliers. L’objectif était de caler le niveau de production à 10 000 litres de lait par la voie de l’alimentation et de la génétique avant de passer à l’étape suivante, la longévité et l’amélioration du lait par jour de vie. » C’est tout l’enjeu de la collecte des données qui devra permettre à l’entreprise de sélection d’élargir son approche GHP à de nouveaux indicateurs tels que la résistance aux maladies, à la chaleur, la fertilité…