Modèles d’évaluations génomiques La génétique animale en pleine révolution

« Aujourd’hui, il semble que ce ne soit pas tant la méthode d’évaluation génomique qui importe, mais son adéquation aux données disponibles ainsi qu’au déterminisme génétique du caractère à évaluer », soulignait François Guillaume (Institut de l’élevage), à l’occasion des rencontres 3R à Paris.

« Pour certaines races, des collaborations internationales sont possibles et permettront d’augmenter la taille de population critique pour mettre en place une évaluation génomique correcte. C’est le cas de la Brune par exemple avec l’utilisation d’une puce à très haute densité programmée en 2010. » (© Terre-net Média)

Si hiérarchie il y a aujourd’hui entre les méthodes (lire ici), il est donc évident que cet ordre peut évoluer rapidement en fonction de l’accumulation des données et de l’évolution des populations. « Le choix de la méthodologie d’évaluation ne doit donc pas être dissociée des caractères et de la structure de la population sur laquelle elle est appliquée », poursuivait le scientifique.

Collecter toujours plus de données

Aujourd’hui, la méthode dite SAM2 est disponible dans les races Prim’Holstein, Normande et Montbéliarde depuis octobre 2008. Depuis février 2010, tous les caractères avec évaluation officielle passent à la moulinette de la SAM2. « Malgré une population de référence de 800 taureaux seulement, les races Normande et Montbéliarde disposent dès aujourd’hui d’évaluations génomiques efficaces », poursuivait François Guillaume.

Côté perspectives, la collecte de données (génotypes, phénotypes) se poursuit, ouvrant ainsi la voie à l’identification de nouveaux Qtl permettant d’expliquer des parts de variance génétique de plus en plus importantes, ou d’adopter un modèle d’évaluation de type génomique avec de meilleures garanties de succès.

Une seule étape pour l’évaluation globale

Autre tendance : les perspectives d’accroissement de taille des populations de référence dans les trois races, compte tenu des investissements réalisés via ApisGene.

Le saviez-vous ? La SAM 2 permet de comparer tous les caractères inclus dans les objectifs de sélection avec une précision comparable, même ceux faiblement héritables tels que la fertilité. Il devient donc possible de sélectionner efficacement sur ce type de caractères fonctionnels et non plus de simplement limiter leur dégradation. Ainsi, il est désormais possible de disposer d’index génomiques aussi précis pour les femelles que pour les mâles.

Enfin, le grand chantier des modélisateurs et scientifiques est de parvenir à établir une évaluation globale en une seule étape, contre deux aujourd’hui : il faut en effet une évaluation nationale classique à partir de laquelle sont tirées les performances animales. « Ce n’est pas une approche optimale car cette évaluation n’a pas de retombées sur les animaux non-génotypés, par exemple la mère d’un jeune taureau. »
Pour pallier ce manque, des méthodes complémentaires sont en cours de développement.

Une puce de haute densité pour la Brune

Enfin, pour les races laitières à plus faible effectif, il faudra encore attendre. En effet, la taille des populations de référence françaises reste insuffisante pour envisager à court terme des résultats probants. « Pour certaines races toutefois, des collaborations internationales sont possibles et permettront d’augmenter la taille de population critique pour mettre en place une évaluation génomique correcte. C’est le cas de la Brune par exemple avec l’utilisation d’une puce à très haute densité programmée en 2010. »

Attention aux biais

L’efficacité à long terme des évaluations génomiques repose à la fois sur le maintien du contrôle de performances, mais aussi sur des évaluations polygéniques classiques non-biaisées. « Sans ces conditions, la présélection de taureaux sur information génomique introduit un biais important : les valeurs génétiques des animaux présélectionnés et de leurs filles sont sous-estimées, et leur précision à l’inverse surestimées. » Heureusement, ce volet fait également partie du projet Amasgen qui vise à améliorer les évaluations classique nationales et internationales.

Enfin, ces travaux menés sur bovins laitiers devraient s’élargir aux autres productions de ruminants. Pour le moment, des freins limitent sont développement. Mais la baisse des coûts de génotypage, l’augmentation de la densité des puces autorisant des analyses multiraciales, sans oublier les progrès méthodologiques dans la détection des Qtl ou les évaluations génomiques devraient permettre rapidement d’accroitre la taille des populations de référence.

Plus d’info : www.inst-elevage.asso.fr.