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GénétiqueComment la race Prim’Holstein essaie de contenir la consanguinité

La consanguinité en race Prim'holstein continue d'augmenter. Elle diminue pourtant le potentiel de production des vaches. (©Terre)
La consanguinité en race Prim'holstein continue d'augmenter. Elle diminue pourtant le potentiel de production des vaches. (©Terre)

Alors que le nombre de taureaux disponibles s’est diversifié depuis une dizaine d’années, la courbe de consanguinité en race Prim’Holstein continue de progresser. L’organisme de sélection intégrera prochainement des éléments de consanguinité dans le calcul de l’ISU.

La consanguinité ? « Je vérifie très rarement », avoue Alexandre Gallard, éleveur de Saint-Sigismond (Maine-et-Loire) et habitué des concours. « Cela ne me dérange pas parfois de monter à 9 % de consanguinité quand je fais mes choix d’accouplement. » Sur le site de Prim’Holstein France, le planning d’accouplement interactif intègre un algorithme qui calcule le taux de consanguinité du produit à naître en remontant sur dix générations en moyenne. L’éleveur rentre les objectifs d’accouplement de son élevage et indique le taux de consanguinité maximum qu’il souhaite, c’est-à-dire le pourcentage de gènes identiques dans le génome, et l’algorithme lui propose les accouplements optimums dans les limites de consanguinité fixées.

La consanguinité diminue le potentiel de production.
Alexandre Gallard ne peut pas aller au-delà d’un taux de 7 %. À titre de comparaison, le degré de parenté entre deux cousins germains est de 6,25 %. Mais encore faut-il se servir de l’outil. « On a tellement de choix de taureaux que le risque est limité, il faut juste ne pas cumuler », se dit-il. Le président du syndicat des éleveurs de Prim’Holstein du Maine-et-Loire, Florian Vigneron, va même plus loin : « Je sais que je suis un peu à contre-courant mais moi, je pense que la consanguinité fait avancer la race. Mettre les deux meilleurs taureaux, s’ils sont très forts sur un poste, même s’il y a des risques, cela permet de fixer les gènes », soutient l’éleveur de Saint-André-de-la-Marche (Sèvremoine). Chez lui, le troupeau a 8 % de consanguinité en moyenne.

Et pourtant, la consanguinité diminue le potentiel de production laitière, agit sur les taux cellulaires à hauteur de plusieurs milliers et est aussi source de problèmes de fertilité.

Des taureaux très apparentés

On compte exactement 4 666 taureaux commercialisés sur les cinq dernières années, dont un peu plus de 900 au catalogue actuel. L’époque des taureaux stars semble révolue, fini les Jocko-Besne et leurs 1,7 million de paillettes prélevées. Les taureaux d'aujourd'hui font moins de doses et ils ont des carrières plus courtes. « Pour autant au niveau mondial, la consanguinité ne diminue pas », met en garde Coralie Danchin-Burge, chef de projet variabilité génétique à l’institut de l’élevage. Pour que cela fonctionne, il faudrait suffisamment de taureaux conservés pour préserver la génération d’après.

N’importe quelle vache Prim’Holstein a 5,8 % de Shottle ou O-Man.

« Ils sont trop peu nombreux par rapport à la population mondiale de vaches Prim’Holstein. Et puis surtout, ils sont extrêmement apparentés. Taureaux nés à la fin des années 1990, Shottle et O-Man, deux « ancêtres majeurs », ont par exemple tous deux Elevation et Chief dans leur généalogie. Résultat : ils ont une contribution marginale de 5,8 %. Cela signifie que n’importe quelle vache Prim’Holstein a 5,8 % de Shottle ou O-Man. « Comme il n’y a plus que quelques ancêtres qui sont majeurs, leurs anomalies génétiques vont s’exprimer puisqu’elles sont répétées de multiples fois », explique Coralie Danchin-Burge.

Taureau shottle
Shottle, né à la fin des années 1990 et mort en 2015, fait partie des « ancêtres majeurs ». Il est père et grand-père de taureaux. N’importe quelle vache Prim’Holstein a 5,8 % de ses gènes. (©Bovec)

Progrès génétique modéré, dégradation de la diversité

Depuis l’émergence de la génomique en 2009, le nombre de candidats à la sélection a augmenté et les intervalles entre générations se sont réduits. Tout cela a contribué à améliorer le progrès génétique, mais au prix d’une dégradation de la diversité génétique qui se caractérise par une augmentation de la consanguinité.

La sélection génomique a permis une hausse significative du progrès génétique annuel de 71 % chez la Normande. En Prim’Holstein, il n’est que de 33 %. Mais surtout, la Holstein est la seule des trois principales races laitières à avoir vu sa perte de diversité génétique s’accélérer. C’est ce que relève Anna-Charlotte Doublet dans sa thèse de doctorat soutenue en 2020 sur l’évolution de la consanguinité en Prim’Holstein, Normande et Montbéliarde. Le taux de consanguinité annuel, qui mesure l’accroissement de la consanguinité, s’établit à 4,3 % sur quatre ans en Holstein contre 1,7 % en Normande. « Il y a des signaux qui commencent à clignoter, alerte Coralie Danchin-Burge. On craint un effet majeur au niveau de la filière. » La courbe de consanguinité progresse plus vite à partir de 2015-2016, constate la généticienne de l’idele.

Courbe de consanguinité en race Prim'holstein
Évolution de la courbe de consanguinité en race Prim’Holstein. (©Bilan de variabilite´ ge´ne´tique a` partir des donne´es de ge´ne´alogie des races bovines laitie`res, Idele)

Cette évolution ne semble pas effrayer Pierre-Alexandre Lévèque, chargé de mission recherche et développement à Prim'Holstein France :  « Que la consanguinité augmente un petit peu d’année en année, c’est le principe même d’une sélection en race pure. Pour la faire diminuer, il faut faire des croisements. » Et puis l’avantage de la Prim'Holstein par rapport à certaines races, « c’est qu’il y a des schémas de sélection en Amérique, aux Pays-Bas, en France ou Nouvelle-Zélande, et les programmes sont divers », se rassure l’ingénieur. Toutefois, « la race est tirée par les Américains où le star-system n’est pas mort, avec des sélections qui valent le coup uniquement à court terme », nuance Coralie Danchin-Burge.

La consanguinité intégrée au calcul de l’ISU

L’OS a une autre piste pour aider les éleveurs à redresser la barre de la variabilité génétique : l’intégration des éléments de consanguinité dans le calcul de l’ISU. Autrement dit, on ne gèrera plus la consanguinité seulement au niveau des accouplements, mais au niveau du programme de sélection et donc de l'ensemble de la population. « On pourra réellement avoir une sélection des individus les plus “originaux” et avoir un contrôle et une maîtrise de la consanguinité », fait valoir Pierre-Alexandre Lévèque.

« En mettant en place ce principe, on considère qu’un individu n’est plus génétiquement intéressant seulement parce qu’il est performant, mais aussi parce qu’il est original par rapport à la population. On y travaille depuis plusieurs années, mais toutes les populations ne sont pas génotypées. Il faut donc trouver le meilleur système de gestion pour l’intégrer dans l’ISU ».

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