Indexation génomiqueLa génomique arrive en races Abondance, Tarentaise, Vosgienne et Simmental

| par | Terre-net Média

Dans le cadre des programmes Gembal et G2R, l'Inra a développé l'évaluation génomique des races Abondance, Tarentaise, Vosgienne et Simmental.

Tarentaise, Abondance et VosgienneTarentaise (Tarine), Abondance et Vosgienne prennent la pose ensemble pour illustrer l'arrivée de la génomique dans les alpages ! (©Terre-net Média)

L'évaluation génomique s'appuie sur des populations de référence pour estimer les effets des marqueurs génétiques. Ces populations sont constituées de taureaux et de vaches avec performances connues, et génotypés pour les projets Gembal et G2R. Les OS des races Abondance, Tarentaise, Vosgienne ont défini un cadre juridique et demandé l'officialisation des index génomiques en mars 2016.

Les prédictions sont réalisées à partir de génotypages 50k réels, ou imputés à partir de la puce LD, avec une précision élevée et souvent supérieure à 99.5 % pour les 43 801 marqueurs utilisés actuellement. Le modèle d’indexation est proche de celui des grandes races, en particulier la version montbéliarde et normande. Mais compte tenu de la taille plus limitée des populations de référence, le nombre de QTL (nombre de régions de l’ADN associé à un caractère quantitatif) varie entre 500 et 1 000, alors qu’il peut aller jusqu’à 3 000 pour les races principales.

Effectif d’animaux typés et avec performances dans les quatre races (Source : IBL 2016-1)

nombres d'animaux typés avec performances
AbondanceMâles
Femelles
389
2769
TarentaiseMâles
Femelles
323
1569
SimmentalMâles
Femelles
446
408
VosgienneMâles
Femelles
66
1171

Coefficients de détermination > 0,35

Les évaluations produites pour les jeunes animaux de moins de deux ans ont une précision moyenne un peu supérieure à 0.50 pour la production laitière et la morphologie. Cette valeur moyenne est plus difficile à atteindre pour les comptages cellulaires (de 0.45 à 0.51 selon la race) et surtout pour la fertilité des vaches (de 0.34 à 0.40 selon la race). Ceci explique la décision de publier les index fonctionnels dès qu'un CD de 0.35 est atteint pour avoir une série complète d'index pour les mâles. Les exigences pour les femelles, à savoir un CD minimal de 0.30, leur permettent aussi une série complète d'index, en particulier pour tous les caractères fonctionnels.

Par ailleurs, la Vosgienne bénéficie d'une indexation de la longévité directe, c'est à dire le risque de réforme pendant la vie productive des vaches.

Source : Indexation bovine laitière IBL-2016-1 / Idele


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