Par ailleurs, toute référence à un objectif chiffré de produits biologiques dans la restauration collective publique disparaît, alors que le texte du 30 avril fixait un approvisionnement de 15% en 2010 et 20% d’ici 2012.

Concernant le retrait du marché des produits phytosanitaires les plus préoccupants, les 30 premiers retraits interviendront « au plus tard en 2009 » (fin 2008, dans l’ancienne version). De même, le programme pluriannuel de recherche sur les pesticides sera lancé « au plus tard en 2009 », alors qu’il était initialement prévu dès 2008. C’est également « au plus tard en 2009 » (et non plus « dès 2008 ») que la politique génétique des semences et races domestiques aura pour tâche de généraliser le dispositif d’évaluation des variétés et d’en étendre notamment les critères aux nouveaux enjeux du développement durable.

Autre modification, dans le domaine de l’eau : le projet de loi indique que d’ici 2012, des plans d’action seront définis pour assurer la protection des 500 captages les plus menacés par les pollutions diffuses, « notamment les nitrates ». Le phosphore, initialement cité, a disparu.